Dentro de su política de formación de redes institucionales para la colaboración científica, la FES ha desarrollado un Programa de Convenios con 96 organizaciones no gubernamentales, empresas privadas e instituciones públicas de investigación y educación superior, como: Universidad Complutense de Madrid; Colegio de Londres; Universidad de Heidelberg; Universidad de Boston; Universidad de California; Instituto Hondureño de Antropología e Historia; Universidad de Sao Paulo, etc. Estos convenios permiten que alumnos e investigadores de la EESCIHA puedan incorporarse a proyectos en vía de desarrollo en los que la FES participa conjuntamente con esas instituciones, o plantear nuevos que se puedan implementar.